北交所现行收费标准以交易经手费、印花税、过户费及券商佣金为主，固定费率清晰可查，其中经手费为0.0125%双边收取，印花税0.05%仅卖出征收，过户费0.001%双边收取，券商佣金最高3‰且可协商。
北交所股票交易经手费为交易所核心收费项目，自2023年8月28日起执行最新标准，按成交金额的0.0125%双向收取，该费率是在2022年12月首次下调50%基础上再度下调50%后的结果，大幅降低市场交易成本。此费用由北交所直接收取，通常包含在券商佣金中，由券商代收后上缴，不会向投资者单独列示收取。优先股交易按普通股标准执行，可转换公司债券则按普通股经手费标准减半收取，股份协议转让按成交金额0.5‰双边收取，单向每笔最高10万元。
印花税属于国家法定税费，北交所执行A股统一标准，仅在卖出股票时按成交金额的0.05%单边征收，买入环节不产生该费用。过户费由中国证券登记结算有限责任公司收取，费率为成交金额的0.001%，买卖双向均需缴纳，费用较低且无最低收费门槛。此外还有证管费，按成交金额的0.002%双向收取，同样包含在券商佣金内，由券商代收后上缴证监会。
券商佣金是投资者可自主协商的费用，监管规定最高不超过成交金额的3‰，目前市场默认费率多在万分之三左右，资金量大、交易频繁的投资者可与客户经理协商下调至万分之二点五甚至更低。佣金实行双边收取，单笔交易通常设有5元最低收费限制，具体以各券商公示为准。除交易类费用外，北交所针对上市公司还设有上市初费、年费及交易单元费等，上市年费按总股本分档收取，2000万股以下2万元，2000万至5000万股3万元，5000万至1亿股4万元，1亿股以上5万元。
北交所整体收费结构与沪深交易所相近，但经手费标准相对更高，主要因服务创新型中小企业的运营成本差异。投资者计算交易成本时，需将佣金、经手费、证管费、过户费及卖出时的印花税合并核算，以10万元买卖交易为例，双向经手费合计25元，过户费2元，证管费4元，若按万分之三佣金计算双向佣金60元，卖出时另缴印花税50元，总成本清晰可控。各类费用标准均来自北交所、证监会及中国结算官方公告，数据真实可查证，投资者可通过官方渠道查询北京证券交易所业务收费管理办法等文件确认细节。
